Когда интегрированные DNA Technologies (IDT) запустили свою сеть Collab в феврале 2023 года, цель состояла в том, чтобы ускорить темпы инноваций геномики посредством сотрудничества.
Мы твердо верили, что объединение исследователей и лидеров отрасли для развития обучения и командной работы принесет инновации, которые члены этой сети, возможно, не достигли самостоятельно — и что эти изобретения будут развиваться через развитие намного быстрее, чем они могли бы без этой команды.
Через два года мы уже осознаем преимущества сотрудничества в постоянных усилиях по ускорению инноваций в геномике. Это особенно ясно в двух областях, на которых сосредоточена сеть коллабов: секвенирование следующего поколения (NGS) и редактирование генов.
В то время как большая часть прогресса, который мы достигаем, приводит к появлению новых инструментов для исследователей, предпринятых в ранних усилиях по обнаружению, мы по -прежнему мотивированы потенциальной выгодой, которую эта командная работа предложит будущим пациентам: новую технологию, которая оптимизирует основные исследования, которые ускорят разработку потенциальных лекарств.
Улучшение рабочих процессов секвенирования следующего поколения
Некоторые партнерские отношения IDT с членами Collab Network уже помогают оптимизировать рабочие процессы NGS.
Одним из основателей сети является ultima genomics, которая предлагает платформу NGS, которая использует открытые кремниевые пластики вместо традиционных, замкнутых клеток потока, а также в основном естественной химии потока, чтобы обеспечить недорогую, высокопроизводительное секвенирование с превосходным одноклеотидным полиморфизмом (SNP). Спустя всего шесть месяцев после запуска сети Collab, мы совместно разработали адаптеры и праймеры, совместимые с платформой Ulima,-устраняя ранее используемый шаг ПЦР в рабочем процессе подготовки библиотеки.
Чтобы продемонстрировать ценность этого сотрудничества в области исследований онкологии, IDT и Ultima проверили наш подготовительный комплект библиотеки на предмет секвенирования всего генома (WGS).
Наша цель состояла в том, чтобы определить, могут ли наши комбинированные технологии идентифицировать характеристики мутаций в образцах опухоли с низким качеством, встроенными в парафин (FFPE), и количественно определять минимальное остаточное заболевание (MRD) из циркулирующей ДНК в образцах плазмы с низкими опухольными фракциями.
Мы обнаружили, что объединение наших технологий включает масштабируемые WGS, улучшив качество данных и снижая частоту ошибок для одноклеотидных замен.
Другой член основания IDT Collab Network, Element Biosciences, является поставщиком NGS и мультиамических технологий, управляемых их инновационной химией на основе авидитов (ABC). ABC позволяет амплификацию без ПЦР, отделение базового обнаружения от расширения пряди и дополнительные возможности, предназначенные для улучшения результатов и снижения затрат на пробежку. В феврале 2024 года мы представили набор адаптеров, универсальных блокаторов и библиотечных пустыни для амплификационных праймеров, которые совместимы с технологией элемента и предназначены для уменьшения ошибок последовательности.
Недавно мы расширили наше партнерство с Element Biosciences, чтобы объединить наши высококачественные адаптеры, подготовку библиотеки NGS и панель Exome с элементом Trinity Flow Cell и реагентов, чтобы запустить протокол захвата In-Instrument для платформ Aviti и Aviti24. Этот новый подход значительно уменьшает ручные шаги рабочего процесса и время на практическом праве, одновременно предоставляя последовательные, высококачественные данные секвенирования.
IDT также сформировал несколько сотрудничества за пределами сети Collab, которые облегчают доступ к дополнительным технологиям для исследователей геномики.
Например, в мае 2024 года мы сотрудничали с Molecular Health, чтобы соединить наши анализы NGS с помощью программного обеспечения для вариантов и отчетности Molecular Health. Это помогает сделать онкологические лаборатории более эффективными, оснащая исследователей рака третичным анализом для данных NGS, что обещает ускорить открытия рака, оптимизируя анализ данных.
Как операционная компания Danaher, IDT имеет возможность сотрудничать с 10 другими лидерами в области разработки технологий наук, которые также являются частью сети Danaher.
Например, компания Danaher Beckman Coulter Life Sciences, которая также является членом сети коллабов, сотрудничает с IDT для разработки приложений для своей системы подготовки библиотеки NGS. Эта технология автоматизирует процесс построения библиотек NGS, сокращая практическую работу, которая, в свою очередь, ускоряет рабочие процессы и уменьшает ошибки.
Вождение инноваций в редактировании генома
Включение улучшений в технологиях редактирования генов, включая CRISPR, также является приоритетом для IDT. Наш совместный подход сосредоточен на возможности предлагать пользовательские решения для редактирования генов, включая пользовательское руководство RNAS (GRNAS), инструменты HDR и услуги поддержки безопасности CRISPR.
В 2023 году мы сотрудничали с другой компанией Danaher, Aldevron. Это партнерство объединяет экспертизу IDT в реагентах CRISPR и производстве GRNA с опытом Aldevron в CGMP CRISPR и производстве рибонуклеопротеинов (RNP), чтобы предложить единое решение поставщика и позволить клиентам перевести свои прорывы в исследованиях в потенциальные спасительные методы жизни.
Добавление терапии на основе CRISPR является приоритетом в биофарма-промышленности, и сотрудничество среди поставщиков технологий будет иметь решающее значение для обеспечения безопасности этих новых методов лечения.
С этой целью IDT в партнерстве с Sequre DX в июле 2024 года. Наши комбинированные технологии обеспечивают расширенные услуги по анализу вне цели, улучшая способность разработчиков CRISPR для чувствительности количественно определять непреднамеренные эффекты, таким образом повышая безопасность терапевтических средств.
Чтобы полностью реализовать потенциал редактирования генов для решения самых сложных заболеваний в мире, мы признаем, что мы должны включать академических экспертов в наши усилия. В январе 2024 года было сформировано академическое сотрудничество между Данахером и Институтом инновационной геномики (IGI), во главе с Калифорнийским университетом в Беркли и Калифорнийском университете в Сан -Франциско. Вместе мы запустили маяк Danaher-Igi для лечения CRISPR.
Цель маяка состоит в том, чтобы создать платформные технологии, которые позволит разработать редактирующие гены терапии редким генетическим расстройствами, известными как «врожденные ошибки иммунитета» (IEIS). Мы начинаем с двух IEIS, и мы надеемся расширить технологию, которую мы разрабатываем, на потенциальные новые методы лечения для любого из оцениваемых 500 IEIS.
Это всего лишь несколько примеров того, как IDT использует сотрудничество в стремлении к продвижению инноваций в геномике. Это все еще первые дни, но мы можем четко представить преимущества, которые будут предлагать новые технологии, родившиеся от этих альянсов: снижение времени и стоимости развития, принесение огромной ценности для систем здравоохранения по всему миру и ускорение темпов, в которых новые лекарства доступны для пациентов.
Demaris Mills является вице -президентом и руководителем группы Genomic Medicines Group в Danaher, глобальном новаторе науки и техники
